Immédiatement après la chute du « rideau de fer », la direction de l’orchestre prend contact avec Daniel Barenboim et réussit à faire venir à la Staatsoper et à la Staatskapelle de Berlin ce musicien remarquable, qui figure autant parmi les meilleurs pianistes que parmi les meilleurs chefs d’orchestre du monde, et à l’engager durablement à la tête de la vénérable phalange. Il signe en 1992 pour dix ans au poste de directeur général de la musique et directeur artistique – le contrat sera ensuite prolongé deux fois. Depuis maintenant presque vingt-cinq ans, Barenboim a réalisé avec la Staatskapelle un travail artistique extrêmement fructueux à la fois dans le domaine de l’opéra, notamment avec les œuvres de Richard Wagner, et symphonique – il a entre autres mené à bien des intégrales de Beethoven, Schubert, Schumann, Mahler et Bruckner. À côté des grandes pages du répertoire classique et romantique, de Mozart à Strauss, les œuvres du XXe siècle et la musique contemporaine occupent aussi une place de choix, plus particulièrement les partitions de Debussy, Ravel, Schönberg, Berg, Stravinski, Bartók, et Elliott Carter, Pierre Boulez, Harrison Birtwistle, Wolfgang Rihm et Jörg Widmann.

De nombreux disques de l’orchestre sont au catalogue, et de nouveaux enregistrements audio ou vidéo sortent régulièrement, dernièrement par exemple une série de symphonies de Bruckner, les concertos pour piano de Chopin, Liszt et Brahms (avec Barenboim en soliste), Une vie de héros et les Quatre Derniers Lieder de Strauss avec Anna Netrebko, ainsi que le Concerto pour violoncelle et les deux symphonies d’Edward Elgar.

Chaque année, la Staatskapelle de Berlin et son chef ont l’occasion de faire la preuve de leur réputation exceptionnelle en tournée européenne – à Vienne, Londres, Paris… – ainsi qu’à New York, Buenos Aires, en Chine et au Japon. À Berlin, l’orchestre donne régulièrement de grands concerts symphoniques à la Philharmonie et au Konzerthaus, ainsi que des concerts de musique de chambre à divers endroits de la ville. Durant les travaux de rénovation du « port d’attache » Unter den Linden, la Staatsoper et la Staatskapelle sont hébergés au Schiller Theater à Charlottenburg, où ils proposent un vaste programme, depuis des pages baroques jusqu’à des créations contemporaines. En outre, chaque année la Staatskapelle et Daniel Barenboim donnent un concert gratuit en plein air baptisé « Staatsoper für alle » (« Staatsoper pour tous »). Jouer au cœur de la ville pour un public nombreux revêt une importance particulière pour l’orchestre et son directeur général de la musique.